Potrzebujemy rolnictwa, aby wytwarzać żywność, ale niektóre niezrównoważone praktyki rolne nadal zanieczyszczają gleby.
Rośliny potrzebują do wzrostu między innymi substancji biogennych, a intensywne rolnictwo może wyczerpywać składniki odżywcze z gleby szybciej, niż natura je uzupełnia. Działanie nawozów polega na kompensowaniu tego deficytu i wprowadzaniu dodatkowych substancji biogennych. Niestety rośliny często nie są w stanie pobrać całej ich ilości, a nadmiar znajdujący się początkowo w glebie prędzej czy później trafia do jezior i rzek. Nadmiar azotu w wodzie nierzadko prowadzi do zbyt dużego wzrostu roślin i glonów, których rozkład może poważnie obniżyć poziom tlenu w wodzie, szkodząc gatunkom zwierząt i roślin w tym ekosystemie.
W próbkach gleby z całej Europy znajdują się też substancje chemiczne pochodzące z długotrwałego stosowania pestycydów. Ponad 80% próbek gleb przeanalizowanych w jednym z badań zawierało pozostałości pestycydów, a 58% – co najmniej dwa rodzaje pozostałości.